乙武が言っていることは、正しいかどうかを判断する場に居ない者の無責任な感想以上の意味を持たない。

特に

「そんな教育を受けて社会に巣立っていく子どもたちが不憫でなりません」

の部分は、意味が解らない。
”そんな”が卒業式に出さないことを指しているのなら、約束事を守るという確立している物事を守らせるのが教育なのでは？
学校側の対応が書かれていないのにも気になってしまう。”待機”というのは、隔離とは違うのでは？
帽子をかぶらせるとか、対応が考えられる。

生徒は「一律に校則違反と決めつけるのはおかしい」

これは正しい。
でも、そう思うのなら確認をすればよかったのでは？

卒業式での行動を「校則違反」と判断されたのなら、校則違反にならない行動をとることが正しいのでは？
コーンロー云々ではなく、学校側の判断の話で隔離はやりすぎだとは思う。

それなら、どうしたらいいのか？

卒業式前に教師から「髪が耳にかからないように」と注意を受けた

それなら、これが前日なら生徒の行動もわかるが、期間が開いていたのなら、事前にその教師に
「コーンローにするけどいいか？」
「伝統的な髪型で、育ててくれた父親に敬意を表した形で、卒業式に出席した所を見せたい」
と、説明を行えばよかったのでは？
乙武も少数派の味方になるつもりなら、少数派が絶対的に正しいという立場ではなく、少数派からの説明を施すような話をしてもよいと思える。

学校での出来事なので、他にも事情があったのだろうとは思う。
普段から生徒に厳しくしているだけの教師だったとか、反発されるバックボーンがあったかもしれない。
でも、生徒側が一歩でも踏みよれば回避できた事柄のように思える。